Anak Super.EXE adalah permainan tentang bagaimana Super Boy.EXE mulai menghancurkan semua orang. Dunia yang kejam di mana tidak ada satu belas kasihan pun. Anak super.EXE keluar dari neraka, membuat kekacauan, membawa serta banyak jiwa tak berdosa. Dan tidak ada yang akan melawan dengan kekuatan yang seperti dewa dan mengerikan. Dia memutuskan untuk menjadikan korban utama orang yang dicintai.